蛋白质二级结构

作品数：339被引量：1289H指数：18
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利用双树复小波特征进行蛋白质二级结构预测被引量：1
《计算机工程与应用》2022年第3期230-234,共5页陈璐 高翠芳 鲁海燕 
国家自然科学基金青年基金(61402202);中国博士后科学基金(2015M581724);江苏省博士后科学基金(1401099C)。
识别蛋白质二级结构对于蛋白质的特征和性质研究具有很重要的作用。用Cα原子三维空间坐标把蛋白质序列映射为距离矩阵,针对距离矩阵中隐含的纹理信息,用双树复小波变换对矩阵进行4级分解,提取不同方向的子带能量和标准偏差,得到48维特...
关键词：蛋白质 二级结构预测 双树复小波变换 纹理特征 支持向量机 
基于径向基神经网络的蛋白质二级结构预测被引量：1
《计算机工程与应用》2011年第20期17-19,23,共4页王菲露 宋杨 
国家自然科学基金(No.60875047);安徽省教育厅重大自然科学基金(No.ZD200906);安徽建筑工业学院青年科研基金(No.20104008)~~
为提高蛋白质二级结构预测的精确度,提出并构建精确的径向基神经网络、广义回归神经网络,并基于5位编码和Profile编码,采用不同大小的滑动窗口,利用交叉检证法构建多个径向基网络预测器,分别对蛋白质二级结构进行预测,得到了较好的实验...
关键词：径向基神经网络 蛋白质二级结构 预测器 
蛋白质二级结构预测的一种新的编码方式
《计算机工程与应用》2011年第18期163-165,共3页李汪根 叶小娇 黄尧颖 
国家自然科学基金(No.61070060)~~
编码方式是影响蛋白质二级结构预测准确率的重要因素之一。针对单序列蛋白质二级结构预测问题,提出了一种新的综合编码方法。该编码是根据氨基酸出现在每种二级结构中的倾向因子以及氨基酸的疏水性值进行分类,并以二进制形式来表示每类...
关键词：编码方式 蛋白质二级结构预测 支持向量机 
改进型动态隧道神经网络在蛋白质预测的应用
《计算机工程与应用》2011年第3期13-16,共4页刘君 熊忠阳 王银辉 
中国博士后科学基金No.20070420711;重庆市科委自然科学基金No.2007BB2372~~
神经网络具有容易陷入局部极小的缺点,动态隧道神经网络通过"钻隧道"方式,让目标函数跳出局部最小,找到更小的可行域,从而避免神经网络陷入局部极小。传统的动态隧道技术隧道方向单一并且随意,因此具有不稳定性。为了有效提高动态隧道...
关键词：蛋白质二级结构预测 神经网络 动态隧道技术 多轨道 
元胞自动机图的蛋白质二级结构类型预测被引量：2
《计算机工程与应用》2010年第15期226-229,共4页胡鸿豪 宋丽平 肖绚 
国家自然科学基金No.60661001;江西省自然科学基金No.0611060~~
蛋白质结构预测是后基因组时代的一项重要任务,蛋白质二级结构预测是蛋白质结构预测的关键步骤。利用氨基酸数字编码模型生成蛋白质序列的元胞自动机图(Cellular Automata Image,CAI),提出了一种基于灰度共生矩阵(Gray Level Co-occurre...
关键词：蛋白质二级结构 元胞自动机 灰度共生矩阵 K近邻算法 Jackknife测试 
蛋白质二级结构预测方法研究被引量：2
《计算机工程与应用》2009年第36期44-46,共3页王艳春 
国家自然科学基金No.30471138~~
为提高蛋白质二级结构预测精度,提出一种新的网络模型和编码方法。首先利用基因表达式编程(GEP)的全局搜索能力同时进化设计神经网络的结构和连接权;其次,对神经网络输入层编码进行了改进,添加了氨基酸残基所处的疏水环境。用PDB-Selec...
关键词：蛋白质 二级结构预测 基因表达式编程 神经网络 
均衡数据法提高蛋白质二级结构预测被引量：1
《计算机工程与应用》2009年第6期219-220,239,共3页李伟 赵亚欧 陈月辉 
国家自然科学基金~~
传统蛋白质二级结构预测,由于氨基酸序列中三种结构数量的差异,易造成不均衡训练,使得对三种结构的预测准确率差别较大。为改善这种缺陷,受装袋原理的启发,对传统方法进行改进,缩小训练时三种结构数量的差距。在实验中,采用数据集CB396...
关键词：PSSM矩阵 BP神经网络 CB396数据集 蛋白质二级结构 
基于OET-KNN算法的蛋白质二级结构类型预测
《计算机工程与应用》2008年第29期204-206,210,共4页邱望仁 肖绚 林卫中 
国家自然科学基金No.60661003;江西省自然科学基金No.0611060;江西省青年科学家(井冈之星)培养计划资助~~
蛋白质二级结构类型预测是当今生物信息学研究的热点之一。利用氨基酸数字编码模型将氨基酸序列转换成数字信号,根据LZ复杂度的算法计算了氨基酸的伪氨基酸成分,再对伪氨基酸成分用OET-KNN算法进行分类预测。Jackknife测试结果表明该算...
关键词：蛋白质 二级结构型预测 K-近邻算法 
基于GM(1,1)模型的蛋白质二级结构类型预测被引量：1
《计算机工程与应用》2007年第34期41-42,45,共3页林卫中 肖绚 
国家自然科学基金(the National Natural Science Foundation of China under Grant No.60661003);江西省自然科学基金(the Natural Science Foundation of Jiangxi Province of China under Grant No.0611060)。
蛋白质二级结构类型预测是当今生物信息学研究的热点之一。利用氨基酸数字编码模型将氨基酸序列转换成数字信号,得出此蛋白质的GM(1,1)模型参数,并将这些参数作为伪氨基酸成分,由于这些伪氨基酸成分具有描述氨基酸序列的总体特征的特点...
关键词：蛋白质 二级结构型预测 GM(1 1)模型 
基于关联规则与遗传算法的蛋白质二级结构预测被引量：7
《计算机工程与应用》2006年第15期152-155,224,共5页邹先霞 陈孝卫 许龙飞 
国家自然科学基金资助项目(编号:60374070);广东省自然科学基金资助项目(编号:031903)
文章通过建立蛋白质二级结构预测的数学模型,运用挖掘与遗传算法相结合的关联规则技术对蛋白质二级结构进行预测,设计并实现了该原型系统。实验表明,该文所采用的基于蛋白质氨基酸疏水性周期规律的预测模型方法较其它相关的二级结构预...
关键词：遗传算法 蛋白质 氨基酸序列 关联规则 数据挖掘 
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