蛋白质功能预测

作品数：55被引量：121H指数：6
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基于生物信息学的蛋白质功能预测方法研究进展被引量：5
《生物工程学报》2024年第7期2087-2099,共13页何新媛 刘杨 曾祥荷 高荣凤 田真 樊祥宇 
国家自然科学基金(31600148);山东省自然科学基金(ZR2021MC018)。
随着计算能力的增加和生物数据的快速扩展,利用生物信息学解决一些生物学问题逐渐成为主流的解决方案。蛋白质功能预测是生物医学和药物研究领域的重要任务。利用生物信息学进行蛋白质功能预测成为研究热点。本文将基于生物信息学的蛋...
关键词：生物信息学 蛋白质功能预测 基因本体论 机器学习 深度学习 
利用序列和组合图卷积网络预测蛋白质功能被引量：1
《小型微型计算机系统》2023年第12期2692-2699,共8页秦琪琪 丁学明 王金雷 
国家自然科学基金项目(11502145)资助。
蛋白质功能的准确预测有利于推进生物医学发展,高通量测序技术的快速发展加快了蛋白质序列的提取速度,从而产生了大量未注释的蛋白质,并且新测序序列缺乏结构等生物信息,针对该问题提出了基于序列和组合图卷积网络的蛋白质功能预测模型(...
关键词：蛋白质功能预测 功能位点 图卷积网络 蛋白质序列 
融合Doc2vec与GCN的多类型蛋白质相互作用预测方法
《智能系统学报》2023年第6期1165-1172,共8页曹汉童 陈璟 
江苏省青年自然科学基金项目(BK20150159).
多类型蛋白质−蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)的研究是从系统角度理解生物过程和揭示疾病机制的基础。现有的GNN-PPI、PIPR等针对多类型PPI预测方法在采用广度和深度优先搜索对数据集进行划分时,测试准确率会显著下降...
关键词：PPI网络 图神经网络 蛋白质功能预测 深度学习 生物学意义 复杂网络 图卷积神经网络 非监督学习 蛋白质序列 
基于协同进化信息和深度学习的蛋白质功能预测被引量：1
《计算机应用研究》2023年第12期3572-3577,共6页王金雷 丁学明 秦琪琪 彭博雅 
国家自然科学基金资助项目(11502145)。
蛋白质的功能对于理解细胞和生物的活动机制、研究疾病机理等至关重要。面对序列数据库的快速增长,传统的实验和序列对比方法不足以支撑大规模的蛋白质功能标注。为此,提出EGNet(evolutionary graph network)模型,采用蛋白质预训练语言...
关键词：蛋白质功能 深度学习 协同进化信息 语言模型 图卷积神经网络 
基于生物信息学的蛋白质功能预测研究综述被引量：1
《计算机工程与应用》2023年第16期50-62,共13页李昕晖 钱育蓉 岳海涛 胡月 陈嘉颖 冷洪勇 马梦楠 
新疆维吾尔自治区自然科学基金(2021D01C083);新疆维吾尔自治区科技厅国际合作项目(2020E01023);新疆维吾尔自治区科技计划青年科学基金(2022D01C83);国家部委重大专项;国家自然科学基金(62266043,61966035)。
蛋白质功能预测任务旨在为缺失功能标签的蛋白质数据提供功能注释,随着蛋白质测序技术的发展,数据库中蛋白质数量迅速增长,由于蛋白质数据的复杂性和多元性,蛋白质功能预测任务极具挑战,受到研究人员的密切关注。梳理了机器学习在蛋白...
关键词：蛋白质功能预测 蛋白质序列 机器学习 生物计算 生物信息学 
深度学习在蛋白质功能预测中的应用被引量：3
《合成生物学》2023年第3期488-506,共19页宋益东 袁乾沐 杨跃东 
国家重点研发计划(2022YF1203100);国家自然科学基金(12126610)。
蛋白质功能预测是生物信息学中的一项重要任务,在疾病机制的阐明和药物靶点发现等领域有着重要作用。因为传统的测定蛋白质功能的生化实验通常成本高、耗时长、通量低,所以开发出高效且准确的蛋白质功能预测计算方法十分重要。蛋白质功...
关键词：深度学习 蛋白质 功能预测 结合位点 基因本体论 
机器学习在蛋白质功能预测领域的研究进展被引量：7
《生物工程学报》2023年第6期2141-2157,共17页池燕飞 李春 冯旭东 
国家自然科学基金(22178025)。
蛋白质是有机生命体内不可或缺的化合物,在生命活动中发挥着多种重要作用,了解蛋白质的功能有助于医学和药物研发等领域的研究。此外,酶在绿色合成中的应用一直备受人们关注,但是由于酶的种类和功能多种多样,获取特定功能酶的成本高昂,...
关键词：人工智能 机器学习 蛋白质功能 功能预测 
Protein-HVGAE:一种双曲空间中的蛋白质编码方法被引量：1
《计算机科学与探索》2023年第3期701-708,共8页王皓白 沈昕 黄尉健 陈可佳 
国家自然科学基金(61772284,61876091)。
蛋白质相互作用(PPI)网络中的蛋白质功能预测、蛋白质交互预测和复合物识别是生物信息学的重要任务,非常依赖于对蛋白质的编码。由于PPI网络是由少量中枢节点主导的无标度网络,传统欧氏空间嵌入方法难以捕捉网络中的层次结构,导致蛋白...
关键词：蛋白质交互网络 双曲空间 图卷积 变分图自编码器(VGAE) 蛋白质功能预测 
面向蛋白质功能预测中有向无环图标记结构的多示例多标记学习被引量：1
《国防科技大学学报》2022年第3期23-30,共8页吴建盛 唐诗迪 梅德进 朱燕翔 刁业敏 
国家自然科学基金资助项目(61872198,61971216);江苏省科技厅基础研究计划面上资助项目(BK20201378)。
在多示例多标记学习问题中,标记之间往往是相互关联的,其中有向无环图结构是一种常见的层次关联结构,可见于蛋白质的基因本体学生物学功能预测的应用场景中。针对其标记间的有向无环图结构,提出了一种新的多示例多标记学习算法。算法从...
关键词：多示例多标记学习 蛋白质功能预测 有向无环图标记结构 标记相关性 
MIMLRBF预测谷物蛋白质功能方法的改进被引量：1
《食品与生物技术学报》2021年第4期36-43,共8页刘静 崔双龙 曹洪伟 管骁 
国家自然科学基金项目(31701515);上海市曙光计划项目(19SG45);上海市国内科技合作项目(19395800200)。
随着人们对营养与保健功能的关注,谷物蛋白质功能预测已经成为当前研究热点。面对大量已完成测序的谷物蛋白质基因组数据,利用计算方法来预测谷物蛋白质功能已经成为主流。从谷物蛋白质结构域序列出发,首次将MIMLRBF算法运用到蛋白质功...
关键词：谷物 蛋白质功能预测 多示例多标记 HAUSDORFF距离 核函数 
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