李炜疆

作品数：52被引量：92H指数：5
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供职机构：江南大学生物工程学院更多>>
发文主题：蛋白质统计关联聚类分子对接氨基酸更多>>
发文领域：生物学理学自动化与计算机技术化学工程更多>>
发文期刊：《食品与生物技术学报》《生物物理学报》《工业微生物》《计算机工程》更多>>
所获基金：国家自然科学基金教育部重点实验室基金国家高技术研究发展计划内蒙古自治区自然科学基金更多>>
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构建适用于蛋白质家族分类的相似性网络
《工业微生物》2015年第3期53-57,共5页时逢宽 李炜疆 
图聚类用于蛋白质分类问题可以获得较好结果,其前提是将蛋白质之间复杂的相互关系转化为适当的相似性网络作为图聚类分类的输入数据。本文提出一种基于BLAST检索的相似性网络构建方法,从目标蛋白质序列出发,通过若干轮次的BLAST检索逐...
关键词：相似性网络 图聚类 蛋白质家族分类 
利用蛋白质序列模式识别改善谷氨酸棒杆菌基因组注释
《工业微生物》2014年第3期70-76,共7页周大为 李炜疆 
即使细菌基因组的基因结构较为简单,但在注释过程中也可能出现基因遗漏的现象。当潜在基因在高质量数据库中没有显著同源序列时,基于知识库的基因预测方法就会遇到困难。本文希望通过系统扫描基因组所有可能ORF的蛋白质序列模式来搜索...
关键词：蛋白质序列模式 谷氨酸棒杆菌 基因组注释 
序列相似性网络聚类与蛋白质家族划分被引量：2
《食品与生物技术学报》2014年第1期98-103,共6页时逢宽 李炜疆 
图聚类法是利用蛋白质序列信息推断其家族分类的有力手段。对于蛋白质数据集中家族内外存在着如同许多超家族一样的复杂关系,图聚类法达到较好表现必须两因素,1)输入的相似性图需要包含有足够的用于分类的信息;2)需要稳健的算法以识别...
关键词：图聚类 蛋白质家族 网络聚类 
利用蛋白质同源性搜索检验细菌预测基因的起始位点
《食品与生物技术学报》2012年第8期865-870,共6页夏伟 周大为 李炜疆 
细菌基因组中基因密度高、结构相对简单,基因预测可以达到较高的准确度。细菌基因预测的一个重要问题是难以准确判断基因起始位点,目前应用最广的基因组自动注释方法给出的结果中,占总数约1/5的基因的起始位点有分歧,尚无利用基因结构...
关键词：基因组注释 基因预测 同源性搜索 
一种由代谢方程构建网络的方法及其实现
《计算机与应用化学》2011年第9期1199-1202,共4页何胜 吴访升 潘瑜 徐明亮 杨莉 李炜疆 
江南大学工业生物技术教育部重点实验室开放课题(KLIB-KF200903);江苏技术师范学院科研启动基金项目(KYY10059)
代谢网络的拓扑结构分析和可视化是系统生物学研究的热点。如何自动合理地由数量众多的代谢方程构建代谢网络是研究者首先面临的问题。基于二部图模型,采用"节点唯一化"和"忽略高度节点"策略,提出一种由代谢方程直接构建代谢网络的方法...
关键词：代谢方程 代谢网络 可视化 
樟芝固态发酵产品活性代谢产物分析被引量：10
《食品与发酵工业》2011年第8期86-90,共5页夏永军 李炜疆 许赣荣 
对樟芝固态发酵产品的活性成分进行了初步分析。结果显示,樟芝固态发酵产品富含马来酸和琥珀酸衍生物、核苷类化合物、甾醇、多糖、不饱和脂肪酸等多种生理活性物质,与子实体具有一定的相似性。樟芝固态发酵产品含有护肝活性极好的两种...
关键词：樟芝 固态发酵 腺苷 Ergostatrien-3β—ol 多糖 不饱和脂肪酸 
基于图聚类的蛋白质相互作用网络功能模块探测被引量：3
《食品与生物技术学报》2011年第1期95-100,共6页梅娟 何胜 李炜疆 
作者采用了基于模块性的图聚类算法来探测蛋白质相互作用网络中的集团,在具有2 617个节点11855个相互作用的酵母蛋白质相互作用网络中探测出177个集团,同时采用慕尼黑信息中心(Munich Information Center,MIPS)的层次功能注释对其进行...
关键词：蛋白质相互作用网络 模块性 聚类 功能模块 
复杂生物网络自动画图算法分析
《计算机工程》2010年第8期292-292,F0003,共2页何胜 梅娟 王正祥 李炜疆 
国家"863"计划基金资助项目(2006AA020204);工业生物技术教育部重点实验室课题基金资助项目(KLIB-KF200903);江苏技术师范学院青年科研基金资助项目(KYY06081)
介绍适应分子网络建模和信息系统需求的自动画图算法的研究成果。在分析代谢途径自动布局、力导向布局和基于网格的布局等3类具有代表性的自动画图算法的基础上,探究其各自的原理、内在联系、存在的优缺点以及亟待解决的问题,为应用网...
关键词：复杂生物网络 图论画法 力导向布局 网格布局 
16S rDNA序列关键位点的信息论分析被引量：3
《食品与生物技术学报》2010年第5期782-787,共6页周大为 于雪飞 周少刚 李炜疆 
16S rDNA中含有较多的菌种特异性信息,但是如何使用这些信息进行菌种鉴定却因不同菌种间序列的特征变化缺少规律而变得困难。作者使用信息论方法对那些种内较保守,种间变异明显的关键位点进行研究。结果表明,16S rDNA序列中仅有少数位...
关键词：16S RDNA 分类 信息论 熵 
基于网络模块性的蛋白质序列聚类被引量：5
《食品与生物技术学报》2010年第1期123-127,共5页梅娟 何胜 王正祥 石贵阳 李炜疆 
国家863计划项目(2006AA020204)
蛋白质的远同源性探测是结构基因组学和功能基因组学的主要研究任务之一。一些具有一定相似结构和功能、但序列相似性却较低的蛋白质组成蛋白质超家族,则远同源性探测问题等价于对蛋白质超家族的识别问题。作者提出了一种基于模块性的...
关键词：蛋白质网络 序列相似性 远同源性 模块性 聚类 蛋白质结构分类数据库 
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