《计算生物学》

作品数：86被引量：32H指数：2
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《计算生物学》
主办单位：汉斯出版社
最新期次：2024年3期更多>>
发文主题：蛋白质可视化分析可视化基因支持向量机更多>>
发文领域：医药卫生自动化与计算机技术农业科学文化科学更多>>
发文作者：郑智捷刘立伟刘毅慧白凤兰张利绒更多>>
发文机构：云南大学大连交通大学华中农业大学内蒙古大学更多>>
发文基金：国家自然科学基金内蒙古自治区自然科学基金博士科研启动基金安徽省自然科学研究项目更多>>
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基于双向长短期记忆网络和卷积神经网络的DNA 6mA甲基化位点预测
《计算生物学》2024年第3期29-38,共10页高伟 郭晓甜 李慧敏 
云南省研究生优质课程建设项目“高等数理统计”(云学位[2022] 8号)。
DNA N6-甲基腺嘌呤(6mA)是一种重要的表观遗传修饰,参与基因调控、DNA复制和修复等生物过程,对疾病研究也具有重要意义,准确识别DNA 6mA位点对理解其功能和机制至关重要。尽管现有的NA 6mA位点预测方法已取得较大成功,但在预测精度和跨...
关键词：DNA 6mA位点 双向长短期记忆网络 卷积神经网络 特征编码 
基于叶绿体基因组变异位点的兰属(兰科)植物资源遗传多样性的分子鉴定新方法被引量：2
《计算生物学》2024年第2期13-28,共16页刘美辰 左云娟 靳晓白 杨志荣 索志立 
准确鉴定物种遗传多样性是植物资源保护和可持续利用的基础。兰属Cymbidium Sw.是单子叶植物,具有极高的观赏、药用和科研价值。由于形态特征受到发育阶段和环境条件的影响,不同学者对形态特征的理解和判断也存在差异,基于形态特征的兰...
关键词：兰科 兰属 植物资源多样性 叶绿体基因组 核苷酸变异位点 分子鉴定 
GraphPLA:一种预测蛋白质–配体结合亲和力的图神经网络方法
《计算生物学》2024年第1期1-11,共11页郭岳松 刘立伟 
蛋白质–配体结合亲和力是蛋白质与配体相互作用强度的一个重要指标。准确预测蛋白质–配体结合亲和力对于发现药物的新应用至关重要。迄今为止,已经开发了许多计算技术来预测结合亲和力;然而,这些技术中的一部分需要并不常见的蛋白质...
关键词：蛋白质–配体结合亲和力 图卷积神经网络 深度学习 蛋白质–配体结合口袋 图注意力网络 
SRF-LDA:基于堆叠集成学习的LncRNA与疾病关联预测方法
《计算生物学》2023年第4期35-44,共10页孙捷 谭者斌 
长链非编码RNA (lncRNA)是一类长度大于200 nt的非编码RNA,是非编码基因组的重要组成部分。大量实验证实,lncRNA与人类疾病的发生发展密不可分,但除了一小部分的lncRNA与人类疾病关系已知之外,大多数的lncRNA与人类疾病的关系仍然有待研...
关键词：lncRNA 疾病 lncRNA-疾病关联 随机森林 变量重要性 特征选择 支持向量机 
拟南芥光周期开花路径的建模与分析
《计算生物学》2023年第3期23-34,共12页刘旻昊 吴越 牛之瑄 孙越 游雄 
植物开花机制是一个复杂而精密的调控网络。组学分析表明,几乎所有光周期开花途径的相关基因或蛋白的昼夜节律性表达都受到生物钟的调控,其中一些关键基因,CYCLING DOF FACTOR 1 (CDF1)、CONSTANS (CO)和FLOWERING LOCUS T (FT)等在光...
关键词：生物钟 光周期开花 微分方程模型 FT 
LPI-MAM:以miRNAs为中介基于深度学习预测lncRNA-蛋白质相互作用
《计算生物学》2023年第2期11-21,共11页屈文燕 颜静 李晓毅 谭建军 
长链非编码RNA (Long non-coding RNAs, lncRNAs)是细胞增殖和死亡的重要调控因子,它的失调可能会导致多种疾病发生。LncRNAs主要是通过与蛋白质相互作用(lncRNA-protein interactions, lncRPIs)来发挥生物学功能。因此,研究lncRPIs对了...
关键词：卷积神经网络 循环神经网络 深度学习 蛋白质相互作用 特征融合 细胞增殖 可视化交互 MIRNAS 
基于Wasserstein生成对抗网络和残差网络的8类蛋白质二级结构预测
《计算生物学》2023年第1期1-9,共9页李舜 马玉明 刘毅慧 
蛋白质二级结构包含充分的蛋白质信息,而且蛋白质二级结构是研究蛋白质三级结构和药物设计的基础,因此,本文提出了一种基于Wasserstein生成对抗网络(WGAN)和残差网络(ResNet)的蛋白质8态二级结构预测的方法。该方法首先通过Wasserstein...
关键词：生成对抗网络 残差网络 蛋白质二级结构 特征提取 深层网络 二级结构预测 预测准确率 药物设计 
新冠病毒Omicron变异株S蛋白变异位点及进化分析
《计算生物学》2022年第4期59-65,共7页吴秀兰 李绮晴 郑珊丽 黄万信 钟华斌 唐文武 
新冠病毒Omicron变异株是2021年11月首次在南非发现,并已成为当前传染性最高的主流变异株,其传染性和S蛋白位点变异存在相关性。本文通过生物信息学方法对Omicron变异株的S蛋白变异位点进行分析,并与多种冠状病毒S蛋白进行多序列比对及...
关键词：S蛋白 变异位点 病毒感染性 冠状病毒 多序列比对 位点变异 序列保守性 靶向药物 
基于机器学习算法识别疾病相关的蛋白与金属离子配体的结合残基
《计算生物学》2022年第3期23-31,共9页邹向辉 冯永娥 
在研究疾病发生机制中,蛋白质与配体相互作用扮演着重要的角色。因为许多蛋白质功能的实现需要结合特定的配体,而金属离子配体对蛋白质功能的实现起到重要作用。确定蛋白质中哪些残基与金属离子配体相互作用,可以帮助研究者理解蛋白质-...
关键词：金属离子配体 5折交叉检验 位置特异性打分矩阵 随机森林算法 
基于分子动力学模拟研究YTHDF3与m6A修饰RNA的相互作用动力学及关键位点
《计算生物学》2022年第3期32-39,共8页周文雪 韩中杰 吴志祥 李春华 
YTHDF3 (YTH domain family protein 3)能够特异性识别N6-甲基腺嘌呤(N6-methylladenosine, m6A)修饰的RNA,参与调控mRNA加工代谢、正常生理和异常病理等重要生命进程,与许多癌症息息相关。研究YTHDF3与m6A修饰RNA的相互作用动力学及关...
关键词：特异性识别 靶向药物 关键位点 生命进程 甲基化 复杂网络 分子动力学模拟 
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